正常菌群有許多重要的生理功能：
1、如菌群之間生物的拮抗作用， 正常菌群在人體某一特定位粘附，定植和繁殖，形成一層菌膜屏障。通過拮抗作用，抑制并排斥過路菌群的入侵和群集，調整人體與微生物之間的平衡狀態。
2、免疫作用，正常菌群能刺激宿主產生免疫及清除功能。
3、排毒作用，如雙岐桿菌能使腸道過多的革蘭氏陰性桿菌下降到正常水平，減少內毒素的吸收。
4、抗腫瘤作用，能降解、清除體內的致癌因子，激活體內的抗腫瘤細胞因子等。
5、抗衰老作用。 人體腸道的正常微生物，如雙岐桿菌，乳酸桿菌等能合成多種人體生長發育必須的維生素，如B族維生素（維生素B1、B2、B6、B12），維生素K，煙酸、泛酸等，還能利用蛋白質殘渣合成非必需氨基酸，如天冬門氨酸、丙氨酸、纈氨酸和蘇氨酸等，并參與糖類和蛋白質的代謝，同時還能促進鐵、鎂、鋅等礦物元素的吸收。這些營養物質對人類的健康有著重要作用，一旦缺少會引起多種疾病。生態平衡時，正常腸道微生物可以保持宿主的正常生理功能，如營養、免疫、消化等。
腸道菌群，人體腸道的正常微生物，如雙歧桿菌，乳酸桿菌等能合成多種人體生長發育必須的維生素，如B族維生素（維生素B1、B2、B6、B12），維生素K，煙酸、泛酸等，還能利用蛋白質殘渣合成必需氨基酸，如天冬門氨酸、苯丙氨酸、纈氨酸和蘇氨酸等，并參與糖類和蛋白質的代謝，同時還能促進鐵、鎂、鋅等礦物元素的吸收。這些營養物質對人類的健康有著重要作用，一旦缺少會引起多種疾病。
人體腸道內寄生著10萬億個細菌，它們能影響體重和消化能力、抵御感染和自體免疫疾病的患病風險，還能控制人體對癌癥治療藥物的反應。
